האוניברסיטה הוקמה כמכון אוניברסיטאי בשנת 1963, ובשנת 1972 הוכרזה כאוניברסיטה עצמאית, והייתה למוסד האקדמי השישי שהוקם בישראל

הפקולטה למדעי  הרוח הוקמה בשנת 1972, עם הקמת האוניברסיטה ובה 10 חוגי לימוד. נכון לשנת 2017, יש בפקולטה 30 חוגים ושלושה בתי ספר. הפקולטה למדעי הרוח מפעילה את תוכנית "דרך הרוח" – תוכנית שבה כלל תלמידי האוניברסיטה מכלל הפקולטות לומדים קורסים בסיסיים במדעי הרוח, במטרה להרחיב את הדעת ולפתוח אשנב להשכלה רחבה יותר ולנושאים שהם מחוץ לתחום ההתמחות הרגיל של התלמיד.

הפקולטה למדעי הרוח עוסקת בתרבות האדם, בהיסטוריה של החברה האנושית, ברוח האדם ובביטוייה בתחומי ההגות הפילוסופית, הספרות, הבלשנות, המוסיקה, התיאטרון והאמנות, על ענפיהם השונים. בצד היסודות ההומניסטיים הכלליים, מוצאים ביטוי בולט בפקולטה גם יסודות היהדות, תולדות עם ישראל ותרבותו, וכן לימודי ארץ ישראל, ארכיאולוגיה ולימודי המזרח התיכון והאסלאם, המבטאים את הגוון המקומי והאזורי של מדעי הרוח. 

הכיוון ההומניסטי של הפקולטה מלווה בהקניית ידע, כלים, גישות ומתודות מחקר בכל התחומים, תוך שימוש אינטנסיבי בשיטות הוראה אקדמיות חדישות (במסגרת למידה מתוקשבת, מעבדה לשונית ממוחשבת, מעבדת מולטימדיה, סדנאות, סיורים לימודיים, כנסים סמינריונים בין-תחומיים ועוד).

בפקולטה פועלים כיום שלושה בתי ספר:

בית הספר להיסטוריה, אשר מושתת על ההכרה שההיסטוריה הינה דיסציפלינה מדעית שהיבטיה השונים – כללית, יהודית, מזרח תיכונית, ארץ-ישראלית קשורים ביניהם קשר הדוק. בבית הספר להיסטוריה פועלים כיום חמישה חוגים: היסטוריה כללית, תולדות ישראל ומקרא, לימודי ישראל, לימודי המזרח התיכון והאסלאם ותולדות האמנות. בית הספר נועד לייעל ולהגביר את שיתוף הפעולה בין חוגי ההיסטוריה, תוך העשרת הלימודים המוצעים כיום בתחום לתלמידי התואר הראשון ולתלמידים לתארים מתקדמים ובמטרה להכשיר את תלמידי המחקר בשיטות מחקר בינתחומיות ולהעמיק את המחקר ההיסטורי באוניברסיטה.

בית הספר לאמנויות, הכולל בתוכו את שלושת חוגי האמנויות: החוג למוסיקה, החוג לאמנות יצירה והחוג לתיאטרון.

בית הספר לארכיאולוגיה ולתרבויות ימיות שנמצא בחזית ההתפתחויות בארכיאולוגיה המודרנית, כולל מהפכת השימוש במדעים מדויקים ומדעי הטבע בלימוד העבר והצורך להתמודד עם אתגרי שימור מורשת התרבות החומרית. בית הספר יכלול ארבעה חוגים: שניים קיימים, החוג לארכיאולוגיה והחוג לציוויליזציות ימיות, ושניים חדשים, החוג למדעי הארכיאולוגיה והחוג למורשת התרבות החומרית.

בתחום הלשונות והספרויות פועלים ארבעה חוגים: ספרות עברית והשוואתית, לשון עברית, שפה וספרות אנגלית ושפה וספרות ערבית.

מלבד החוגים דלעיל, פועלים בפקולטה גם החוגים הבאים: לימודי אסיה, פילוסופיה, ציוויליזציות ימיות וארכיאולוגיה והתוכניות: עמיות יהודית, תוכנית רודרמן ללימודי יהדות ארצות הברית, תרבות ישראל: ספרות, מחשבה והיסטוריה, לימודי נשים ומגדר, לימודי שואה, תרבות הקולנוע ולימודי גרמניה ואירופה.

הפקולטה מציעה תוכניות בינלאומיות בתחומים: ציוויליזציות ימיות, לימודי ישראל, לימודי שואה וארכיאולוגיה. תוכניות אלו מתקיימות בשפה האנגלית ורשאים להשתתף בהן סטודנטים ישראלים.

בפקולטה מעוגנת תוכנית המצטיינים האוניברסיטאית אופקים וכן הלימודים הרב תחומיים.